| 5. Journée | 27.08.2016 | Jahn Regensburg | - | VfR Aalen | 0:2 |  |
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| 6. Journée | 10.09.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 8. Journée | 20.09.2016 | FSV Zwickau | - | Jahn Regensburg | 4:0 | ||||
| 11. Journée | 15.10.2016 | Jahn Regensburg | - | MSV Duisburg | 1:2 | ||||
| 12. Journée | 23.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 05.11.2016 | Werder Bremen II | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 02.12.2016 | Jahn Regensburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 11.02.2017 | Hallescher FC | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 18.02.2017 | Jahn Regensburg | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 11.03.2017 | Fortuna Köln | - | Jahn Regensburg | 2:2 |
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