| 23. Journée | 20.03.1999 | Karlsruher SC II | - | Wacker Burghausen | 3:1 |  |
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| 24. Journée | 27.03.1999 | Wacker Burghausen | - | FSV Frankfurt | 2:0 | |
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| 25. Journée | 01.04.1999 | SC Weismain | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 30.04.1999 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 30. Journée | 07.05.1999 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 12.05.1999 | SSV Reutlingen | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
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| 32. Journée | 15.05.1999 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 3:2 | ||||
| 33. Journée | 21.05.1999 | Wacker Burghausen | - | FC Augsburg | 1:0 | |
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| 34. Journée | 28.05.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 2:3 |
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