| 1. Journée | 05.08.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Hamburger SV II | 0:0 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2006 | Hamburger SV II | - | Wuppertaler SV | 1:4 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2006 | Borussia Dortmund II | - | Hamburger SV II | 1:2 | ||||
| 6. Journée | 02.09.2006 | Hamburger SV II | - | Hertha BSC II | 4:1 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | Hamburger SV II | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 |  |
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| 9. Journée | 23.09.2006 | Bayer Leverkusen II | - | Hamburger SV II | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | Hamburger SV II | - | Kickers Emden | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 15.10.2006 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV II | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2006 | Hamburger SV II | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2006 | Hamburger SV II | - | Rot Weiss Ahlen | 3:4 |  |
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