| 16. Journée | 05.12.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FSV Frankfurt | 1:1 |  |
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| 17. Journée | 12.12.2008 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 01.02.2009 | FSV Frankfurt | - | Rot Weiss Ahlen | 4:0 | ||||
| 20. Journée | 13.02.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 22.02.2009 | FSV Frankfurt | - | VfL Osnabrück | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 01.03.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FSV Frankfurt | 2:0 |  |
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| 23. Journée | 06.03.2009 | FSV Frankfurt | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 13.03.2009 | TSV 1860 München | - | FSV Frankfurt | 1:1 | |
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| 25. Journée | 20.03.2009 | FSV Frankfurt | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 05.04.2009 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 2:0 | |
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| 27. Journée | 12.04.2009 | FSV Frankfurt | - | FC Augsburg | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 19.04.2009 | Alemannia Aachen | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
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