| 1. Journée | 17.08.2008 | FC Schalke 04 II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 2. Journée | 22.08.2008 | Rot-Weiss Essen | - | FC Schalke 04 II | 4:0 | ||||
| 3. Journée | 31.08.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 06.09.2008 | Sportfreunde Lotte | - | FC Schalke 04 II | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 13.09.2008 | 1. FC Kleve | - | FC Schalke 04 II | 3:2 | ||||
| 5. Journée | 21.09.2008 | FC Schalke 04 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 27.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 7. Journée | 04.10.2008 | FC Schalke 04 II | - | SV 07 Elversberg | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 17.10.2008 | FSV Oggersheim | - | FC Schalke 04 II | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 25.10.2008 | FC Schalke 04 II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 15.11.2008 | VfL Bochum II | - | FC Schalke 04 II | 0:3 |  |
|||
| 15. Journée | 28.11.2008 | Eintracht Trier | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 3:3 | |
|||
| 16. Journée | 07.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | BV Cloppenburg | 1:2 | ||||
| 17. Journée | 12.12.2008 | Wormatia Worms | - | FC Schalke 04 II | 0:2 |
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