| 2. Journée | 17.08.2009 | FC St. Pauli II | - | Hallescher FC | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 22.08.2009 | Goslarer SC | - | FC St. Pauli II | 3:2 | ||||
| 4. Journée | 28.08.2009 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | 1:3 | ||||
| 5. Journée | 02.09.2009 | FC St. Pauli II | - | Hertha BSC II | 3:1 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2009 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 7. Journée | 13.09.2009 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 1:0 | ||||
| 1. Journée | 16.09.2009 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 0:0 |  |
|||
| 8. Journée | 19.09.2009 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 25.09.2009 | FC St. Pauli II | - | TeBe Berlin | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 04.10.2009 | ZFC Meuselwitz | - | FC St. Pauli II | 0:0 | |
|||
| 12. Journée | 25.10.2009 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 4:0 |  |
|||
| 15. Journée | 22.11.2009 | FC St. Pauli II | - | VFC Plauen | 3:2 | |
|||
| 19. Journée | 19.12.2009 | Hallescher FC | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 27.03.2010 | TeBe Berlin | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 02.04.2010 | FC St. Pauli II | - | ZFC Meuselwitz | 0:2 | |
|||
| 33. Journée | 22.05.2010 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 0:3 | ||||
| 34. Journée | 29.05.2010 | SV Babelsberg 03 | - | FC St. Pauli II | 4:1 |
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