| 5. Journée | 26.08.2006 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 09.09.2006 | HNK Šibenik | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 16.09.2006 | Kamen Ingrad | - | HNK Šibenik | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 23.09.2006 | HNK Šibenik | - | NK Zagreb | 1:0 |  |
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| 9. Journée | 30.09.2006 | HNK Rijeka | - | HNK Šibenik | 1:3 | ||||
| 11. Journée | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | |
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| 17. Journée | 25.11.2006 | HNK Cibalia | - | HNK Šibenik | 0:1 | ||||
| 18. Journée | 02.12.2006 | HNK Šibenik | - | Kamen Ingrad | 4:1 |
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