| 1. Journée | 29.07.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 0:0 | ||||
| 4. Journée | 18.08.2006 | FK Jablonec 97 | - | FK Mladá Boleslav | 0:2 |  |
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| 5. Journée | 27.08.2006 | FK Mladá Boleslav | - | AC Sparta Praha | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2006 | FK Marila Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 18.09.2006 | FK Mladá Boleslav | - | SK Kladno | 2:0 | |
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| 8. Journée | 24.09.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Tescoma Zlín | 2:0 | ||||
| 10. Journée | 15.10.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 4:2 | ||||
| 11. Journée | 23.10.2006 | 1. FC Brno | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 29.10.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Slavia Praha | 1:3 | ||||
| 13. Journée | 05.11.2006 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 13.11.2006 | FK Mladá Boleslav | - | FK SIAD Most | 2:1 | |
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| 15. Journée | 19.11.2006 | Slovan Liberec | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2006 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 2:2 | |
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