| 2. Journée | 09.08.2003 | Rot-Weiss Essen | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2003 | Werder Bremen II | - | Chemnitzer FC | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 29.08.2003 | Werder Bremen II | - | FC Schalke 04 II | 3:1 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2003 | Borussia Dortmund II | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 13.09.2003 | Werder Bremen II | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 27.09.2003 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 10. Journée | 04.10.2003 | Werder Bremen II | - | VfR Neumünster | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 24.10.2003 | SG Wattenscheid 09 | - | Werder Bremen II | 1:6 |  |
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| 14. Journée | 02.11.2003 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 1:0 | |
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| 15. Journée | 08.11.2003 | Dynamo Dresden | - | Werder Bremen II | 2:0 | |
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| 17. Journée | 22.11.2003 | Hamburger SV II | - | Werder Bremen II | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 28.11.2003 | Holstein Kiel | - | Werder Bremen II | 1:3 | ||||
| 19. Journée | 07.12.2003 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiss Essen | 2:0 | |
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