| 20. Journée | 02.02.2013 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 1:2 |  |
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| 21. Journée | 10.02.2013 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | |
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| 22. Journée | 15.02.2013 | SC Paderborn 07 | - | Erzgebirge Aue | 2:0 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2013 | SV Sandhausen | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | |
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| 24. Journée | 01.03.2013 | SC Paderborn 07 | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 15.03.2013 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 27. Journée | 01.04.2013 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:2 |  |
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| 28. Journée | 07.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 14.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 0:0 | ||||
| 32. Journée | 03.05.2013 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | SC Paderborn 07 | - | TSV 1860 München | 2:0 | |
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| 34. Journée | 19.05.2013 | MSV Duisburg | - | SC Paderborn 07 | 3:2 |
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