| 2. Journée | 11.08.2012 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 25.08.2012 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 01.09.2012 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 17.09.2012 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 25.09.2012 | FC St. Pauli | - | VfR Aalen | 0:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 05.10.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 25.11.2012 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 4:1 |  |
|||
| 16. Journée | 28.11.2012 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 09.12.2012 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 0:3 | ||||
| 19. Journée | 15.12.2012 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:0 |
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