| 5. Journée | 27.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2016 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | FK Tom Tomsk | - | Arsenal Tula | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 26.09.2016 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 01.10.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ural | 1:1 |  |
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| 10. Journée | 16.10.2016 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | ||||
| 11. Journée | 22.10.2016 | FK Tom Tomsk | - | Anzhi Makhachkala | 0:3 | |
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| 12. Journée | 30.10.2016 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
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| 13. Journée | 05.11.2016 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | |
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| 16. Journée | 01.12.2016 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 1:6 | ||||
| 17. Journée | 05.12.2016 | FK Ufa | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |
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