| 1. Journée | 20.08.2016 | Balzan FC | - | Mosta FC | 3:2 |  |
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| 2. Journée | 26.08.2016 | Mosta FC | - | Valletta FC | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 10.09.2016 | Hibernians FC | - | Mosta FC | 3:1 | ||||
| 4. Journée | 17.09.2016 | Mosta FC | - | Gżira United | 2:1 | |
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| 5. Journée | 22.09.2016 | Birkirkara FC | - | Mosta FC | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 22.10.2016 | Mosta FC | - | Floriana FC | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 19.11.2016 | Mosta FC | - | Balzan FC | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 27.11.2016 | Valletta FC | - | Mosta FC | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 04.01.2017 | Mosta FC | - | Birkirkara FC | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 07.01.2017 | St. Andrews FC | - | Mosta FC | 1:1 | |
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| 18. Journée | 14.01.2017 | Mosta FC | - | Tarxien Rainbows | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 22.01.2017 | Hamrun Spartans | - | Mosta FC | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 28.01.2017 | Mosta FC | - | Sliema Wanderers | 2:1 |  |
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| 21. Journée | 04.02.2017 | Floriana FC | - | Mosta FC | 4:0 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2017 | Balzan FC | - | Mosta FC | 7:1 | |
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| 24. Journée | 05.03.2017 | Mosta FC | - | Valletta FC | 0:4 | ||||
| 26. Journée | 17.03.2017 | Mosta FC | - | Gżira United | 1:4 |
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