| 1. Journée | 28.02.1999 | Yverdon Sport FC | - | FC Aarau | 2:1 |  |
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| 2. Journée | 07.03.1999 | FC Aarau | - | FC Lugano | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 21.03.1999 | FC Aarau | - | FC Wil 1900 | 3:1 | ||||
| 5. Journée | 05.04.1999 | FC Aarau | - | SR Delémont | 1:3 | |
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| 6. Journée | 10.04.1999 | Etoile Carouge FC | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 17.04.1999 | FC Aarau | - | BSC Young Boys | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 01.05.1999 | FC Aarau | - | Etoile Carouge FC | 3:1 | |
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| 10. Journée | 09.05.1999 | SR Delémont | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 16.05.1999 | FC Wil 1900 | - | FC Aarau | 2:3 | ||||
| 12. Journée | 22.05.1999 | FC Aarau | - | FC Sion | 4:1 | |
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