| 11. Journée | 27.10.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2019 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2019 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:1 |  |
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| 16. Journée | 08.12.2019 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 14.12.2019 | FC St. Pauli | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:1 | ||||
| 18. Journée | 21.12.2019 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 3:0 | |
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| 19. Journée | 28.01.2020 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 21. Journée | 10.02.2020 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 14.02.2020 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 08.03.2020 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 28. Journée | 27.05.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 30.05.2020 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 05.06.2020 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 14.06.2020 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 17.06.2020 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 4:0 | |
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| 33. Journée | 21.06.2020 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 28.06.2020 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 5:3 |  |
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