| 7. Journée | 08.10.2016 | Hamburger SV [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:2 | ||||
| 11. Journée | 05.11.2016 | Hertha BSC [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:3 | ||||
| 14. Journée | 04.12.2016 | RB Leipzig [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:2 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Dynamo Dresden [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 16. Journée | 17.12.2016 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Holstein Kiel [B-jeun] | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 12.02.2017 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | TeBe Berlin [B-jeun] | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 19.02.2017 | Niendorfer TSV [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:6 | ||||
| 19. Journée | 05.03.2017 | 1. FC Union Berlin [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 01.04.2017 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Eintracht Braunschweig [B-jeun] | 4:0 | ||||
| 25. Journée | 21.05.2017 | 1. FC Magdeburg [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 28.05.2017 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Werder Bremen [B-jeun] | 1:5 |
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