| 1. Journée | 05.08.2006 | Milton Keynes Dons | - | Bury FC | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 08.08.2006 | Mansfield Town | - | Milton Keynes Dons | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 12.08.2006 | Macclesfield Town | - | Milton Keynes Dons | 1:2 | ||||
| 4. Journée | 19.08.2006 | Milton Keynes Dons | - | Bristol Rovers | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 12.09.2006 | Swindon Town | - | Milton Keynes Dons | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 16.09.2006 | Lincoln City | - | Milton Keynes Dons | 2:3 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2006 | Milton Keynes Dons | - | Torquay United | 3:2 | ||||
| 15. Journée | 21.10.2006 | Milton Keynes Dons | - | Hereford United | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 28.10.2006 | Walsall FC | - | Milton Keynes Dons | 0:0 | ||||
| 18. Journée | 18.11.2006 | Milton Keynes Dons | - | Shrewsbury Town | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 25.11.2006 | Darlington FC | - | Milton Keynes Dons | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 09.12.2006 | Accrington Stanley | - | Milton Keynes Dons | 3:4 |
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