| 18. Journée | 29.01.2017 | FC St. Pauli | - | VfB Stuttgart | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 05.02.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 12.02.2017 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 27.02.2017 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 5:0 | ||||
| 23. Journée | 04.03.2017 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 10.03.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 18.03.2017 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 31.03.2017 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2017 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 16.04.2017 | FC St. Pauli | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 30. Journée | 21.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 28.04.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:0 |  |
|||
| 32. Journée | 05.05.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 14.05.2017 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 21.05.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 |  |
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