| 3. Journée | 20.09.2008 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 5. Journée | 05.10.2008 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 29.10.2008 | Panathinaikos | - | Ergotelis | 2:3 |  |
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| 11. Journée | 22.11.2008 | Panathinaikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 01.02.2009 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 21. Journée | 08.02.2009 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 15.02.2009 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 01.03.2009 | Olympiakos Piraeus | - | Panathinaikos | 0:0 |  |
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| 25. Journée | 07.03.2009 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 3:0 | |
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| 26. Journée | 15.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 27. Journée | 22.03.2009 | Asteras Tripolis | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 05.04.2009 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:0 | |
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| 29. Journée | 12.04.2009 | Panserraikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 26.04.2009 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 | |
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Grèce