| 4. Journée | 24.08.2008 | Sigma Olomouc | - | FK Baumit Jablonec | 1:1 | ||||
| 5. Journée | 31.08.2008 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 14.09.2008 | SK Kladno | - | Sigma Olomouc | 2:0 |  |
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| 9. Journée | 05.10.2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 |  |
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| 10. Journée | 19.10.2008 | Dynamo České Budějovice | - | Sigma Olomouc | 1:1 | |
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| 11. Journée | 24.10.2008 | Sigma Olomouc | - | Slovan Liberec | 2:1 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2008 | FK Teplice | - | Sigma Olomouc | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 09.11.2008 | Sigma Olomouc | - | 1. FK Příbram | 4:1 | ||||
| 14. Journée | 15.11.2008 | Tescoma Zlín | - | Sigma Olomouc | 1:1 | |
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| 16. Journée | 29.11.2008 | Viktoria Plzeň | - | Sigma Olomouc | 4:0 | ||||
| 17. Journée | 22.02.2009 | Sigma Olomouc | - | AC Sparta Praha | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 08.03.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | |
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