| 2. Journée | 08.08.1999 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 3:3 | ||||
| 8. Journée | 12.09.1999 | Bayer Leverkusen II | - | Sportfreunde Siegen | 5:3 | ||||
| 9. Journée | 18.09.1999 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 10.10.1999 | Bayer Leverkusen II | - | Eintracht Trier | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 31.10.1999 | Borussia Dortmund II | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 |  |
|||
| 16. Journée | 07.11.1999 | Bayer Leverkusen II | - | VfL Bochum II | 1:2 | ||||
| 19. Journée | 05.12.1999 | FSV Salmrohr | - | Bayer Leverkusen II | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 13.02.2000 | SC 07 Idar-Oberstein | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 24.04.2000 | SV 07 Elversberg | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 34. Journée | 30.04.2000 | Bayer Leverkusen II | - | Borussia Dortmund II | 0:0 | ||||
| 35. Journée | 07.05.2000 | VfL Bochum II | - | Bayer Leverkusen II | 0:3 | ||||
| 38. Journée | 28.05.2000 | Bayer Leverkusen II | - | FSV Salmrohr | 6:1 |
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