| 22. Journée | 04.02.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hertha BSC II | 4:1 | ||||
| 24. Journée | 19.02.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Chemnitzer FC | 3:1 |  |
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| 28. Journée | 17.03.2006 | SG Wattenscheid 09 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2006 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
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| 29. Journée | 25.03.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 |  |
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| 26. Journée | 28.03.2006 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 30. Journée | 01.04.2006 | 1. FC Köln II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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| 31. Journée | 08.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 16.04.2006 | Hamburger SV II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 19.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:0 | |
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| 33. Journée | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 34. Journée | 29.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 35. Journée | 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 2:0 |
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