| 21. Journée | 20.01.2018 | Fortuna Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 28.01.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hallescher FC | 2:1 |  |
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| 23. Journée | 03.02.2018 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | |
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| 24. Journée | 10.02.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Sportfreunde Lotte | 2:2 | |
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| 25. Journée | 17.02.2018 | SG Sonnenhof Großaspach | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | |
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| 26. Journée | 25.02.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 27.03.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Würzburger Kickers | 1:2 |  |
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| 32. Journée | 31.03.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Zwickau | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2018 | SV Meppen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 07.04.2018 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 6:0 | ||||
| 34. Journée | 14.04.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 3:2 | ||||
| 30. Journée | 17.04.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Magdeburg | 1:5 | ||||
| 35. Journée | 21.04.2018 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 | |
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| 37. Journée | 05.05.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 |
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