| 1er tour | 18.09.2008 | Stade Rennais | - | FC Twente | 2:1 | ||||
| 1er tour | 02.10.2008 | FC Twente | - | Stade Rennais | 1:0 | ||||
| Groupe A | 23.10.2008 | FC Twente | - | Racing Santander | 1:0 | ||||
| Groupe A | 03.12.2008 | FC Twente | - | FC Schalke 04 | 2:1 |  |
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| Groupe A | 18.12.2008 | Paris Saint-Germain | - | FC Twente | 4:0 | ||||
| 3e tour | 19.02.2009 | Olympique Marseille | - | FC Twente | 0:1 | |
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| 3e tour | 26.02.2009 | FC Twente | - | Olympique Marseille | 6:7 tab |
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