| 1er tour | 16.09.1999 | ND HIT Gorica | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 2e tour | 21.10.1999 | Grazer AK | - | Panathinaikos | 2:1 | ||||
| 2e tour | 04.11.1999 | Panathinaikos | - | Grazer AK | 1:0 |  |
|||
| 3e tour | 25.11.1999 | Deportivo La Coruña | - | Panathinaikos | 4:2 | ||||
| 3e tour | 09.12.1999 | Panathinaikos | - | Deportivo La Coruña | 1:1 |
Allemagne