| 3. Journée | 10.09.2016 | Panionios GSS | - | Asteras Tripolis | 3:0 |  |
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| 4. Journée | 17.09.2016 | Xanthi FC | - | Panionios GSS | 0:2 | |
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| 5. Journée | 24.09.2016 | Panionios GSS | - | Veria FC | 1:2 | ||||
| 6. Journée | 01.10.2016 | AEP Iraklis FC | - | Panionios GSS | 1:2 | |
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| 7. Journée | 15.10.2016 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 8. Journée | 22.10.2016 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 29.10.2016 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 10. Journée | 06.11.2016 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:0 | |
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| 12. Journée | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| 13. Journée | 03.12.2016 | Platanias Chanion | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 11.12.2016 | Panionios GSS | - | AO Kerkyra | 1:0 | |
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| 15. Journée | 18.12.2016 | Levadiakos | - | Panionios GSS | 1:4 | ||||
| 1. Journée | 05.01.2017 | Panionios GSS | - | PAS Giannina | 1:1 | |
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| 2. Journée | 08.01.2017 | Panetolikos | - | Panionios GSS | 0:2 |
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