| 2. Journée | 21.08.2016 | TuS Ennepetal | - | SC Paderborn 07 II | 3:2 | ||||
| 11. Journée | 23.10.2016 | TSV Marl-Hüls | - | SC Paderborn 07 II | 7:1 | ||||
| 12. Journée | 30.10.2016 | SC Paderborn 07 II | - | SC Hassel | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 06.11.2016 | SpVgg Erkenschwick | - | SC Paderborn 07 II | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 13.11.2016 | SC Paderborn 07 II | - | FC Gütersloh 2000 | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 27.11.2016 | Arminia Bielefeld II | - | SC Paderborn 07 II | 0:2 | ||||
| 16. Journée | 03.12.2016 | SV Lippstadt 08 | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 11.12.2016 | Westfalia Rhynern | - | SC Paderborn 07 II | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 18.12.2016 | SuS Neuenkirchen | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 09.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | Hammer SpVg | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 13.04.2017 | FCE Rheine | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 17.04.2017 | SC Paderborn 07 II | - | TSV Marl-Hüls | 6:0 | ||||
| 29. Journée | 23.04.2017 | SC Hassel | - | SC Paderborn 07 II | 4:1 | ||||
| 33. Journée | 20.05.2017 | SV Lippstadt 08 | - | SC Paderborn 07 II | 2:3 | ||||
| 34. Journée | 28.05.2017 | SC Paderborn 07 II | - | Westfalia Rhynern | 3:0 |
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