| Groupe B | 19.08.2012 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 3:0 | ||||
| Groupe B | 26.08.2012 | FBC Melgar | - | Juan Aurich | 1:0 | ||||
| Groupe B | 02.09.2012 | León de Huánuco | - | FBC Melgar | 1:1 |  |
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| Groupe B | 16.09.2012 | FBC Melgar | - | Sport Boys | 5:1 | |
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| Groupe B | 23.09.2012 | Unión Comercio | - | FBC Melgar | 1:1 | ||||
| Groupe B | 30.09.2012 | FBC Melgar | - | Universidad Cesar Vallejo | 4:0 | |
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| Groupe B | 21.10.2012 | FBC Melgar | - | Real Garcilaso | 1:0 | |
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| Groupe B | 28.10.2012 | Juan Aurich | - | FBC Melgar | 2:0 | ||||
| Groupe B | 01.11.2012 | FBC Melgar | - | León de Huánuco | 2:0 | ||||
| Groupe B | 04.11.2012 | Sport Boys | - | FBC Melgar | 1:1 | ||||
| Groupe B | 08.11.2012 | Alianza Lima | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| Groupe B | 11.11.2012 | FBC Melgar | - | Unión Comercio | 3:0 | ||||
| Groupe B | 25.11.2012 | FBC Melgar | - | Alianza Lima | 2:0 |
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