| 20. Journée | 03.02.2013 | Jahn Regensburg | - | Hertha BSC | 1:5 |  |
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| 21. Journée | 10.02.2013 | VfL Bochum | - | Jahn Regensburg | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 15.02.2013 | Jahn Regensburg | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 24.02.2013 | Energie Cottbus | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 01.03.2013 | Jahn Regensburg | - | SV Sandhausen | 1:3 | |
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| 25. Journée | 08.03.2013 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 26. Journée | 17.03.2013 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 31.03.2013 | 1. FC Köln | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 06.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FSV Frankfurt | 1:4 | ||||
| 29. Journée | 14.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 19.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:2 | |
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| 31. Journée | 26.04.2013 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 03.05.2013 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2013 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 |
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