| 19. Journée | 01.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:0 |  |
|||
| 21. Journée | 04.03.2000 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 10.03.2000 | FSV Frankfurt | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Quelle Fürth | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 02.04.2000 | Wacker Burghausen | - | SV Darmstadt 98 | 2:3 | ||||
| 26. Journée | 08.04.2000 | Wacker Burghausen | - | VfR Mannheim | 5:0 | ||||
| 27. Journée | 15.04.2000 | Karlsruher SC II | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 20.04.2000 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 München II | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 29.04.2000 | FC Augsburg | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 31. Journée | 13.05.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 16.05.2000 | Wacker Burghausen | - | VfR Aalen | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 21.05.2000 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2000 | Wacker Burghausen | - | SV Lohhof | 5:0 | |
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