| 23. Journée | 26.01.2013 | Girona FC | - | CD Guadalajara | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 02.02.2013 | CD Guadalajara | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 16.02.2013 | CD Guadalajara | - | UD Almería | 2:2 | ||||
| 27. Journée | 24.02.2013 | Real Madrid Castilla | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 09.03.2013 | Xerez CD | - | CD Guadalajara | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 30.03.2013 | UD Las Palmas | - | CD Guadalajara | 0:1 |  |
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| 33. Journée | 07.04.2013 | CD Guadalajara | - | Córdoba CF | 3:1 | |
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| 34. Journée | 13.04.2013 | Sporting Gijón | - | CD Guadalajara | 3:0 | ||||
| 35. Journée | 20.04.2013 | CD Guadalajara | - | SD Huesca | 1:0 | ||||
| 36. Journée | 28.04.2013 | Recreativo Huelva | - | CD Guadalajara | 1:0 | ||||
| 37. Journée | 04.05.2013 | CD Guadalajara | - | CD Mirandés | 1:1 | ||||
| 38. Journée | 11.05.2013 | CD Numancia | - | CD Guadalajara | 2:2 |  |
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| 39. Journée | 20.05.2013 | CD Guadalajara | - | Real Murcia | 3:1 | |
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| 40. Journée | 26.05.2013 | Racing Santander | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 41. Journée | 02.06.2013 | CD Guadalajara | - | CD Lugo | 0:1 | ||||
| 42. Journée | 08.06.2013 | Elche CF | - | CD Guadalajara | 3:1 | |
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