| 2. Journée | 29.01.2006 | Cruz Azul | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 02.02.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 05.02.2006 | CF Pachuca | - | Atlas Guadalajara | 3:0 | ||||
| 5. Journée | 12.02.2006 | Atlas Guadalajara | - | Monarcas Morelia | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 19.02.2006 | CF América | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 26.02.2006 | UAG Tecos | - | Atlas Guadalajara | 0:4 | ||||
| 8. Journée | 05.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 11.03.2006 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 10. Journée | 16.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 19.03.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 26.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | UANL Tigres | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 02.04.2006 | Dorados de Sinaloa | - | Atlas Guadalajara | 3:1 |  |
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| 14. Journée | 09.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Santos Laguna | 3:3 | |
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| 15. Journée | 17.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:3 | ||||
| 16. Journée | 23.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 2:3 | |
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| 17. Journée | 30.04.2006 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |
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