| 5. Journée | 24.07.2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 29.08.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 |  |
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| 7. Journée | 04.09.2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:0 | |
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| 11. Journée | 11.09.2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | |
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| 13. Journée | 18.09.2016 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 0:1 | |
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| 14. Journée | 26.09.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 30.10.2016 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:1 | |
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| 19. Journée | 06.11.2016 | Cortuluá | - | Atlético Junior | 1:2 | |
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| 12. Journée | 10.11.2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 20. Journée | 20.11.2016 | Atlético Junior | - | La Equidad | 2:1 |
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