| 1er tour | 18.09.2008 | MŠK Žilina | - | Levski Sofia | 1:1 | ||||
| 1er tour | 02.10.2008 | Levski Sofia | - | MŠK Žilina | 0:1 | ||||
| Groupe F | 23.10.2008 | MŠK Žilina | - | Hamburger SV | 1:2 |  |
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| Groupe F | 06.11.2008 | AFC Ajax | - | MŠK Žilina | 1:0 | ||||
| Groupe F | 04.12.2008 | Aston Villa | - | MŠK Žilina | 1:2 |
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