| 16. Journée | 06.11.1999 | FC Augsburg | - | Borussia Fulda | 2:1 |  |
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| 17. Journée | 13.11.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Augsburg | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 19.11.1999 | VfR Aalen | - | FC Augsburg | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 30.11.1999 | FC Augsburg | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:2 | ||||
| 20. Journée | 04.12.1999 | SV Lohhof | - | FC Augsburg | 0:1 |  |
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| 21. Journée | 04.03.2000 | FC Augsburg | - | TSF Ditzingen | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 12.03.2000 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 22.03.2000 | FC Augsburg | - | SSV Reutlingen | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 26.03.2000 | VfB Stuttgart II | - | FC Augsburg | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 01.04.2000 | FC Augsburg | - | FSV Frankfurt | 4:2 | |
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| 26. Journée | 08.04.2000 | Quelle Fürth | - | FC Augsburg | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 15.04.2000 | FC Augsburg | - | SC Pfullendorf | 2:3 | ||||
| 30. Journée | 06.05.2000 | Karlsruher SC II | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 12.05.2000 | FC Augsburg | - | TSV 1860 München II | 0:0 | ||||
| 32. Journée | 17.05.2000 | VfR Mannheim | - | FC Augsburg | 0:1 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2000 | FC Augsburg | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:4 |
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