| 1er tour | 18.09.2008 | Hamburger SV | - | FC Unirea | 0:0 | ||||
| Groupe F | 23.10.2008 | MŠK Žilina | - | Hamburger SV | 1:2 | ||||
| Groupe F | 27.11.2008 | Hamburger SV | - | AFC Ajax | 0:1 | ||||
| 3e tour | 18.02.2009 | NEC Nijmegen | - | Hamburger SV | 0:3 | ||||
| 3e tour | 26.02.2009 | Hamburger SV | - | NEC Nijmegen | 1:0 | ||||
| tour des 16 | 12.03.2009 | Hamburger SV | - | Galatasaray | 1:1 | ||||
| tour des 16 | 19.03.2009 | Galatasaray | - | Hamburger SV | 2:3 |  |
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| Quarts de finale | 09.04.2009 | Hamburger SV | - | Manchester City | 3:1 | |
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| Quarts de finale | 16.04.2009 | Manchester City | - | Hamburger SV | 2:1 | ||||
| Demi-finales | 30.04.2009 | Werder Bremen | - | Hamburger SV | 0:1 | ||||
| Demi-finales | 07.05.2009 | Hamburger SV | - | Werder Bremen | 2:3 |
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