| 5. Journée | 26.08.2016 | Werder Bremen II | - | VfL Osnabrück | 4:2 |  |
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| 6. Journée | 10.09.2016 | MSV Duisburg | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2016 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 4:0 | ||||
| 10. Journée | 01.10.2016 | Werder Bremen II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 23.10.2016 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | |
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| 13. Journée | 29.10.2016 | Chemnitzer FC | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2016 | Werder Bremen II | - | SG Sonnenhof Großaspach | 1:0 |  |
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| 17. Journée | 03.12.2016 | Hallescher FC | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 10.12.2016 | Werder Bremen II | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 17.12.2016 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 28.01.2017 | Sportfreunde Lotte | - | Werder Bremen II | 1:2 | ||||
| 21. Journée | 05.02.2017 | Werder Bremen II | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 11.02.2017 | FSV Zwickau | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | |
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