| 4. Journée | 10.08.2016 | SV Drochtersen/Assel | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 14.08.2016 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | 0:1 |  |
|||
| 8. Journée | 18.09.2016 | Eintracht Norderstedt | - | FC St. Pauli II | 1:1 | |
|||
| 9. Journée | 25.09.2016 | FC St. Pauli II | - | VfB Oldenburg | 2:1 | |
|||
| 11. Journée | 08.10.2016 | FC St. Pauli II | - | SV Eichede | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 31.10.2016 | Eintracht Braunschweig II | - | FC St. Pauli II | 2:2 | |
|||
| 15. Journée | 05.11.2016 | FC St. Pauli II | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 12.11.2016 | Schwarz-Weiß Rehden | - | FC St. Pauli II | 1:3 | ||||
| 25. Journée | 11.03.2017 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 1:3 | |
|||
| 27. Journée | 04.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 1:3 | ||||
| 29. Journée | 07.04.2017 | FC St. Pauli II | - | Hannover 96 II | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 13.04.2017 | FC St. Pauli II | - | SV Drochtersen/Assel | 1:0 |  |
|||
| 26. Journée | 16.04.2017 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 2:0 | |
Suisse