| 1. Journée | 12.07.2013 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Würzburger Kickers | 3:1 |  |
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| 11. Journée | 30.08.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 15.10.2013 | Eintracht Bamberg | - | Würzburger Kickers | 1:1 |  |
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| 19. Journée | 19.10.2013 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Bayern Hof | 6:0 | ||||
| 20. Journée | 26.10.2013 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 02.11.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 4:3 | ||||
| 22. Journée | 09.11.2013 | Würzburger Kickers | - | TSV 1896 Rain | 5:2 | ||||
| 23. Journée | 16.11.2013 | SV Seligenporten | - | Würzburger Kickers | 0:0 | |
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| 26. Journée | 08.03.2014 | Würzburger Kickers | - | FC Augsburg II | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 15.03.2014 | TSV 1860 Rosenheim | - | Würzburger Kickers | 5:1 | |
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| 28. Journée | 22.03.2014 | Würzburger Kickers | - | SV Heimstetten | 2:2 |
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