| 1. Journée | 31.01.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 1:0 |  |
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| 2. Journée | 06.02.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 15.02.2016 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 06.03.2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Junior | 2:1 | |
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| 9. Journée | 14.03.2016 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 03.04.2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 12. Journée | 09.04.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:3 |  |
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| 13. Journée | 17.04.2016 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 24.04.2016 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 1:1 | |
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| 16. Journée | 02.05.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Bucaramanga | 1:1 | |
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| 18. Journée | 15.05.2016 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 22.05.2016 | Atlético Junior | - | Cortuluá | 2:1 | |
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| 20. Journée | 29.05.2016 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 |
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