| 2. Journée | 08.08.2003 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 4. Journée | 22.08.2003 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 1:6 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2003 | Bayern München II | - | Sportfreunde Siegen | 4:1 | ||||
| 15. Journée | 09.11.2003 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 17. Journée | 22.11.2003 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 27.02.2004 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 12.03.2004 | Bayern München II | - | 1. SC Feucht | 0:2 | ||||
| 28. Journée | 23.04.2004 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 01.05.2004 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 15.05.2004 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 |
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