| 8. Journée | 17.09.2000 | Sportfreunde Siegen | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:5 |  |
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| 17. Journée | 19.11.2000 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 19. Journée | 03.12.2000 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 08.12.2000 | Kickers Offenbach | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 17.04.2001 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 21.04.2001 | SV 07 Elversberg | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 29. Journée | 29.04.2001 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 0:1 | |
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| 30. Journée | 04.05.2001 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 3:3 | |
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| 31. Journée | 13.05.2001 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 18.05.2001 | Eintracht Trier | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 33. Journée | 23.05.2001 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:2 | ||||
| 34. Journée | 26.05.2001 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 |
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