| 20. Journée | 17.02.2012 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | 1:3 | ||||
| 21. Journée | 26.02.2012 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli II | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 29.02.2012 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 2:2 | ||||
| 22. Journée | 04.03.2012 | FC St. Pauli II | - | Hertha BSC II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 17.03.2012 | FC St. Pauli II | - | Energie Cottbus II | 3:1 |  |
|||
| 25. Journée | 24.03.2012 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 26. Journée | 31.03.2012 | ZFC Meuselwitz | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 04.04.2012 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 08.04.2012 | FC St. Pauli II | - | RB Leipzig | 1:2 | |
|||
| 29. Journée | 14.04.2012 | FC St. Pauli II | - | Berliner AK 07 | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 29.04.2012 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 0:3 |
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