| 1. Journée | 08.08.2016 | VfB Stuttgart | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 2. Journée | 13.08.2016 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 6. Journée | 22.09.2016 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 2:2 | ||||
| 7. Journée | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 01.10.2016 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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| 10. Journée | 22.10.2016 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 3:0 | |
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| 22. Journée | 27.02.2017 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 5:0 | ||||
| 23. Journée | 04.03.2017 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 18.03.2017 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:0 | |
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| 26. Journée | 31.03.2017 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2017 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 32. Journée | 05.05.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 34. Journée | 21.05.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 | |
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