| 1. Journée | 16.07.2011 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 2. Journée | 25.07.2011 | Eintracht Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 05.08.2011 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 5. Journée | 22.08.2011 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:1 |  |
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| 6. Journée | 28.08.2011 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 23.10.2011 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2011 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 14. Journée | 05.11.2011 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:2 | |
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| 15. Journée | 19.11.2011 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 27.11.2011 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 02.12.2011 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 11.12.2011 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 1:0 |
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