| 11. Journée | 02.11.2009 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 22.11.2009 | FC Augsburg | - | FC St. Pauli | 3:2 | ||||
| 14. Journée | 29.11.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 |  |
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| 15. Journée | 05.12.2009 | TuS Koblenz | - | FC St. Pauli | 1:5 | ||||
| 16. Journée | 13.12.2009 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:2 |  |
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| 17. Journée | 20.12.2009 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 07.03.2010 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 28. Journée | 28.03.2010 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 2:0 |
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