| 2. Journée | 22.08.2008 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 5:2 |  |
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| 3. Journée | 31.08.2008 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | |
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| 11. Journée | 02.11.2008 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 10.11.2008 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 13. Journée | 14.11.2008 | FC St. Pauli | - | Rot Weiss Ahlen | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 23.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 07.12.2008 | FC St. Pauli | - | TuS Koblenz | 3:2 | ||||
| 17. Journée | 12.12.2008 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 05.04.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 27. Journée | 12.04.2009 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 29. Journée | 24.04.2009 | FC St. Pauli | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 32. Journée | 14.05.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | FC St. Pauli | 0:1 | |
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| 33. Journée | 17.05.2009 | TuS Koblenz | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 34. Journée | 24.05.2009 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
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