| 6. Journée | 10.09.2006 | Viktoria Plzeň | - | Sigma Olomouc | 2:0 |  |
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| 7. Journée | 17.09.2006 | Sigma Olomouc | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 24.09.2006 | SK Kladno | - | Sigma Olomouc | 3:2 | ||||
| 9. Journée | 01.10.2006 | Sigma Olomouc | - | 1. FC Slovácko | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 16.10.2006 | FK Jablonec 97 | - | Sigma Olomouc | 2:0 |  |
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| 11. Journée | 22.10.2006 | Sigma Olomouc | - | FK SIAD Most | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 29.10.2006 | FK Marila Příbram | - | Sigma Olomouc | 1:1 | |
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| 13. Journée | 05.11.2006 | Sigma Olomouc | - | FK Teplice | 1:1 | |
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| 15. Journée | 19.11.2006 | Sigma Olomouc | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2006 | Dynamo České Budějovice | - | Sigma Olomouc | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 03.12.2006 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 3:1 | |
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