| 1. Journée | 25.07.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 29.07.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 3. Journée | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 | ||||
| 4. Journée | 15.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 23.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:3 | ||||
| 6. Journée | 29.08.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 |  |
|||
| 7. Journée | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 20.09.2009 | Eintracht Braunschweig | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 26. Journée | 17.03.2010 | Borussia Dortmund II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 30. Journée | 28.03.2010 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 31. Journée | 31.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 0:0 |
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