| 8. Journée | 01.09.2024 | Zbrojovka Brno | - | FC Zlín | 1:2 | ||||
| 10. Journée | 22.09.2024 | Baník Ostrava B | - | FC Zlín | 0:1 | ||||
| 14. Journée | 26.10.2024 | MFK Vyškov | - | FC Zlín | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 04.11.2024 | FC Zlín | - | MFK Chrudim | 2:0 | ||||
| 16. Journée | 09.11.2024 | FK MAS Táborsko | - | FC Zlín | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 03.03.2025 | FC Zlín | - | 1. SK Prostějov | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 09.03.2025 | Sigma Olomouc B | - | FC Zlín | 1:2 | ||||
| 19. Journée | 16.03.2025 | Viktoria Žižkov | - | FC Zlín | 1:3 | ||||
| 20. Journée | 28.03.2025 | FC Zlín | - | FC Sellier & Bellot Vlašim | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 06.04.2025 | Slavia Praha B | - | FC Zlín | 0:1 |  |
|||
| 22. Journée | 11.04.2025 | FC Zlín | - | Zbrojovka Brno | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 16.04.2025 | Vysočina Jihlava | - | FC Zlín | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 20.04.2025 | FC Zlín | - | Baník Ostrava B | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2025 | AC Sparta Praha B | - | FC Zlín | 1:0 |
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